Establishment of a cell micropatterning method for the quantitative assessment of the organization of the keratin filament network

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Cell micropatterning – a powerful tool to control cell shape.

Im folgenden findet ihr hier meine Masterarbeit. Die Arbeiten dazu habe ich am Institut für Molekulare und Zelluläre Anatomie der Uniklinik RWTH Aachen unter Aufsicht von Rudolf Leube und Reinhard Windoffer durchgeführt. Ich stelle meine Arbeit hier hoch, in der Überzeugung, dass das an der Universität erlangte Wissen ein Gemeingut darstellt, welches der breiten Öffentlichkeit zur Verfügung gestellt werden muss. Forschung, wie sie an Universitäten durchgeführt wird, ist nur mit Hilfe öffentlicher Zuwendungen z.B. durch entsprechende Förderprogramme der Regierung möglich, welche steuerlich finanziert werden. Aus diesem Grund hat die Öffentlichkeit ein Recht auf den freien Zugang zu dem erlangten Wissen und dieses Wissen sollte ihm nicht durch das Closed Access Monopol akademischer Verlage vorenthalten werden können! Wissen, das mit Hilfe gesellschaftlicher Mittel gewonnen wurde, sollte nicht privatisiert werden dürfen, was heute in vielen Fällen faktisch der Fall ist. Durch das Hochladen dieser Arbeit möchte ich meinen Dank an all die Menschen zum Ausdruck bringen, welche mir diese wundervolle Chance ermöglicht haben, an der Forschung beteiligt zu sein. Danke!

I Abstract
Cells are highly sensitive to physical and mechanical cues arising within the microenvironment, which have important effects on cellular processes and subsequent biological responses. The cytoskeleton plays a pivotal role in sensing biomechanical cues and translating it into biochemical signals but it is also of vital importance as a stress-bearing structure for maintaining cell integrity and stability by reorganizing single cytoskeletal elements upon mechanical stimulation. The keratin intermediate filament network contributes to the mechanical resilience of epithelial cells by undergoing a continuous cycle of remodeling in response to mechanical forces. Alterations of the keratin dynamics are difficult to quantify in cells grown under classical culture conditions since the cell shape is transitory due to uncontrollable cell polarity, migration and division. Adhesive micropatterns enable control over cell shape and function. This work explores the possibility to manipulate cell shape and size through cell micropatterning techniques in order to enable an easier quantification of the keratin filament distribution.

In the course of the experiments, stencil patterning was established as the preferred method of choice due to its superior performance in fabricating accurately shaped micropatterns with a uniform and homogeneous protein coating. Micropatterns with different sizes and shapes were designed and the optimal sizes and shapes for a high yield of single cells of selected cell lines was ascertained. The results obtained from normalized cells indicate that the keratin intermediate filament network does not respond to local geometrical cues because differently shaped cells revealed similarities in the average distribution of the keratin intermediate filaments. Nonetheless, the results demonstrate the utility of cell micropatterning for quantitatively assessing the contribution of the cytoskeleton to cellular behavior. The establishment of stencil patterning and the subsequent results of this work motivate further extensive investigations of the keratin intermediate filament network, as well as its interplay with other cellular components.
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Mein persönlicher Kompass – nach dem #personalcompass von Joel Gardner

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Mein persönlicher Kompass

Der in diesem Artikel gezeigte #personalcompass ist ein von Joel Gardner inspiriertes Konstrukt. Es soll die für eine Person wichtigen persönlichen Werte und Ziele bildlich darstellen. In Anlehnung an Joels Darstellungsweise habe ich versucht, selbst einen persönlichen Kompass zu erstellen und habe dabei festgestellt, dass eine Visualisierung der eigenen Ziele und die Formulierung von Wegpunkten, welche zu der Erfüllung dieser Ziele führen, mir geholfen hat zu erkennen, was mein langfristiges Ziel ist und welche Tätigkeiten, Charaktereigenschaften oder Lebensbereiche zu der Erfüllung des Ziels beitragen können. Mehr lesen

Als Superheld weniger nervös durch die Präsentation?

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Nervosität kann beim Vortragen vor einem Publikum nicht nur die Qualität des Vortrags sehr beeinträchtigen, sondern auch die eigene Selbstwahrnehmung.
Bild: Vector Open Stock; Lizenz: C Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported; Die Originaldatei ist hier zu finden.

 

Erinnert Ihr euch an meine Überlegung, sich für Reden oder Seminare ein Alter Ego zu erschaffen? Ich habe lange darüber nachgedacht, welche Person mir als Alter Ego dienen könnte, zumal ich in letzter Zeit zwei Referate in kurzem Abstand halten musste und in den kommenden Wochen auch weitere folgen werden. Es war sehr schwierig eine Person zu finden, in deren Haut ich während Seminaren schlüpfen wollte. Ich habe von historischen Figuren wie Simone de Beauvoir bis hin zu Personen, denen ich begegnet bin so ziemlich alle in Betracht gezogen und gleich wieder verworfen. Ich habe mir so lange Gedanken darüber gemacht, dass ich die Idee schon wieder verwerfen wollte, da mir niemand als Alter Ego geeignet schien. Bis ich durch eine alberne jedoch für mich gut funktionierende Aktion auf das richtige Alter Ego gekommen bin! Alles begann damit, dass ich vor einiger Zeit einige Artikel gelesen habe, welche sich mit dem Einfluss von Körperhaltung und Körpersprache bei Gesprächen mit einem Vorgesetzten bzw. mit Autoritätspersonen auseinandersetzten. Sie lieferten zudem hilfreiche Tipps zur Kontrolle der eigenen Nervosität und zur Stärkung des Selbstvertrauens. Mehr lesen

Die Spuren, die ein Studium hinterlässt

Nachdem ich meine Masterarbeit abgegeben und meine Abschlusspräsentation gehalten hatte, wollte ich mich eigentlich auch gleich an meine Recherchen für meine Doktorarbeit machen, obwohl die Doktorandenstelle offiziell 2-3 Monate später anfangen sollte. Damals habe ich mir gedacht, dass ich mir vorher zumindest 1 Woche frei nehmen würde, um mich später mit mehr Einsatz an die Arbeit machen zu können.

Dann wurde ich wieder und wieder krank und all das artete in extreme Rücken- und Nackenschmerzen aus, welche noch bis heute anhalten. Bedingt durch meine angeschlagene Gesundheit verbrachte ich viel Zeit alleine zu Hause. Zum ersten Mal seit langer Zeit habe ich angefangen, mir Gedanken über meine Zukunft und meine bisher im Studium praktizierte Lebensweise zu machen. Mir ist durch den Kopf gegangen, dass ich sehr viele Hobbies wegen der knapper werdenden Zeit aufgegeben habe, dass ich keine Kurse beim Hochschulsport mehr belegte (bzw. generell kein Sport mehr trieb) und auch sonst im privaten Leben vieles zu Gunsten des Studiums aufgeopfert habe wie z.B. lecker kochen, Familie öfter besuchen, eine innige Freundschaft und gute Freundin, Wochenenden frei nehmen und diese auch tatsächlich genießen, Städte erkunden etc. …

Ich habe zwar einen sehr guten Durchschnitt im Master und eine Doktorandenstelle mit einem für mich unvorstellbar tollen Thema in einer exellenten Arbeitsgruppe, die einem mehr Freiraum bezüglich der eigenen Herangehensweise an die Thematik und dem experimentellen Arbeiten erlaubt als so manch andere Arbeitsgruppe, aber das, wie ich jetzt bemerkt habe, zu einem für mich doch zu hohen Preis. Ich frage mich, ob ich es hätte anders machen können, ob ich meinen jetzigen Platz mit einer guten Masterurkunde auch dann gefunden hätte, wenn ich meine Prioritäten anders gesetzt hätte, mit weniger persönlicher Aufopferung und ohne körperliche Beschwerden. Mehr lesen

Abschlussvortrag der Masterarbeit

Marburg Lahnberge

Nachdem ich erst einmal so lange wie möglich ausgeschlafen hatte um zumindest einen Teil des im Studium verpassten Schlafes nachzuholen und dem Versuch, für eine Weile nicht an den Abschlussvortrag zu denken (was mir nicht wirklich gelungen ist), schreibe in nun, wie bereits versprochen, wie es mit dem Abschlussvortrag gelaufen ist. Bereits die Reise nach Marburg entpuppte sich als eine Herausforderung, da ich nicht mit all den Emotionen, die auf mich zustürmten, gerechnet hatte. Dabei waren es nicht die Gedanken an den bevorstehenden Vortrag, die mich etwas überwältigt zurück ließen. Viel schlimmer empfand ich die Erinnerung an das feucht-kalte Klima; den im Winter meterhoch liegenden Schnee und die Eiseskälte, welche durch die Kleider kroch; die winzigen, dunklen, kalten Studentenzimmer, um nicht zu sagen Löcher; die hügelige Stadt, welche das Fahrradfahren unmöglich machte; und nicht zu Letzt die einsamen Stunden und die Sehnsucht nach meiner Familie in Berlin, welche am schwersten zu ertragen war.

Scherzhaft, aber nicht minder ernst meinte ich zu meinem Begleiter, dass ich, wenn es mir in einer zukünftigen Lebenssituation schlecht gehen sollte, müsste ich nur nach Marburg fahren, um mich daran zu erinnern, wie schwer die Zeit, das Studium und das Leben in dieser Stadt waren und ich alle Probleme dennoch, trotz aller Widrigkeiten bewältigt habe. Und tatsächlich habe ich, seitdem ich Marburg verlassen und den Großteil des Studiums absolviert habe, bis jetzt nie das Gefühl gehabt, vor einem unlösbaren Problem gestanden zu haben. Eine der Fertigkeiten, die mich mein Studium in Marburg gelehrt hat, ist der Umgang mit extremst stressigen Situationen und diese (später souverän) zu bewältigen. Mehr lesen

First things first

Es war etwa um diese Zeit vergangenen Jahres, dass ich mit meiner externen Masterarbeit am Institut für Molekulare und Zelluläre Anatomie am UK Aachen der RWTH begonnen habe. Die Arbeit ist jetzt endlich abgegeben und in wenigen Tagen findet mein Abschlussvortrag in Marburg statt, danach bin ich eine freie Frau. Naja, d.h. fast, denn offiziell werde ich Anfang nächsten Jahres meine Stelle als Doktorandin an selbigem Institut in Aachen antreten!

Es hat viel Spaß gemacht, am dem Thema der Masterarbeit zu sitzen und daran zu arbeiten. Im Vergleich zu den gängigen molekularbiologischen-biochemischen Methoden in der Biologie habe ich mich in der Masterarbeit mit einer relativ neuen Methode beschäftigt, die sich cell micropatterning nennt. Im Prinzip geht es darum, Zellen, welche unter klassischen Zellkultur-Bedingungen i.d.R. keine spezifische Zellform aufweisen, mit Hilfe spezieller Methoden dazu zu animieren, ihr Wachstum und ihre Morphologie vordefinierten geometrischen Formen anzupassen. Als sich mir die Aufgabe stellte, diese Methode in der Arbeitsgruppe in Aachen zu etablieren, erwartete ich nicht, wie sehr mir cell micropatterning trotz aller Anstrengungen und Hindernisse Spaß bereiten würde. Das Thema entpuppte sich wie geschaffen für mich, ich, die ja so sehr auf Layout und Gestaltung achte und gerne organisiere. Da bietet sich cell micropatterning in der Biologie als das ultimative Werkzeug für effizientes Organisieren und Gestalten an! Gut, dass ich cell micropatterning auch nach meiner Masterarbeit weiterhin verwenden darf, denn ich bin mir nicht mehr sicher, ob die Biologie und v.a. das Arbeiten mit Primär- bzw. Sekundärzellen ohne cell micropatterning noch einen besonderen Reiz auf mich ausüben würde.

Nächste Woche ist mein Abschlussvortrag, ach ja, das habe ich ja schon bereits erwähnt… Ich hoffe, ich kann meine Begeisterung und die Arbeit, die ich in das Thema investiert habe, während des Vortrags gut zum Ausdruck bringen. Ich stelle es mir nicht leicht vor, eine externe Arbeit, welche ich mir in einem anderen Institut, an einer anderen Universität und in einer anderen Stadt erarbeitet habe, der eigentlichen Arbeitsgruppe an der ursprünglich eingeschriebenen Universität so gut zu erklären, dass verständlich wird, wieviel Arbeit, Mühe, Schweiß, Tränen und oft auch Blut (ja, das ist wörtlich gemeint!) in jedem einzelnen Experiment steckt. Denn am Ende sind es nur die 40 Folien und 30 min des Abschlussvortrags, die ihnen einen Eindruck davon vermitteln können… Drückt mir die Daumen, dass es gut läuft, ich schreibe euch nächste Woche mehr dazu!